Constituída em 1990, teve como origem de sua tecnologia os produtos e processos da empresa Esmil do Brasil Saneamento Ambiental Ltda., de origem holandesa.

Em 1984 a Esmil do Brasil foi absorvida pela Jaraguá S/A Indústrias Mecânicas, a qual continuou a aprimorar e aumentar o acervo tecnológico existente até então.

Em 1990, com o aval da Jaraguá, foi constituída a Sanesystem Equipamentos e Serviços de Saneamento Ambiental Ltda. A partir desta data, novamente foram sendo agregadas novas tecnologias, notadamente na linha de separadores de água/óleo e sistemas de aeração mais modernos e eficientes.

Em sua sede própria, localizada nas imediações do Aeroporto de Congonhas em São Paulo, possui local adequado para a realização de testes, demonstrações e ensaios de funcionamento dos aeradores da linha Turbo Air, além de unidade piloto para a separação de água e óleo.